Od 1 października 2019 r. obowiązuje nowa struktura Instytutu.

• Katedra Badań nad Edukacją Geograficzną
• Katedra Ekorozwoju i Kształtowania Środowiska Geograficznego
• Katedra Geografii Fizycznej
• Katedra Geografii Społeczno-Ekonomicznej
• Katedra Geoinformacji i Badań Geośrodowiskowych
• Katedra Geologii
• Katedra Przedsiębiorczości i Gospodarki Przestrzennej
• Katedra Turystyki i Badań Regionalnych

• Zespół Badań Geoinformacyjnych
• Zespół Badań Edukacji w zakresie Przedsiębiorczości
• Zespół Badań Sedymentologicznych
• Zespół Interdyscyplinarnych Badań w Turystyce

• Redakcja rocznika naukowego „Annales Universitatis Paedagogicae Cracoviensis. Studia Geographica”
• Redakcja kwartalnika naukowego „Prace Komisji Geografii Przemysłu Polskiego Towarzystwa Geograficznego” / „Studies of the Industrial Geography Commission of the Polish Geographical Society”
• Redakcja półrocznika naukowego „Przedsiębiorczość – Edukacja” / „Entrepreneurship – Education”

• Biblioteka Geograficzno-Biologiczna (do 2016 Biblioteka Instytutu Geografii, a w latach 2016-2019 Biblioteka Wydziału Geograficzno-Biologicznego, formalnie biblioteka jest częścią systemu bibliotecznego Uczelni i podlega dyrekcji Biblioteki Głównej)
• Zbiory Kartograficzne